近20年来，中亚国家对水资源管理体系进行改革，推行水资源流域管理原则，部分国家已经取得了一定成效。对比不同国家的水资源管理制度体系有利于完善水资源部门的管理机制。尤其是中亚国家面临着相似的水资源管理问题，并且行政管理体系、灌溉传统都很类似，都处于经济转型时期。

根据水资源一体化管理（IWRM）在中亚地区的发展和应用效果，可以把中亚国家分为两个阵营：1）哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦，这三个国家水资源一体化管理有序进行并取得了一定成效，对改革持开放态度，在生态环境尤其是水资源管理方面积极参与国际合作项目；2）乌兹别克斯坦和土库曼斯坦，这两个国家秉持局部发展原则。这两个阵营内部也存在分歧，较小的山地国家（产流区）和较大的平原国家之间的分歧，以及能源资源分配不均的问题。尽管中亚各国之间存在差异，但也有重要的共通之处，这也为下文对比和讨论完善水资源管理体系提供了良好的基础。

哈萨克斯坦。哈国水资源管理的重要原则是流域与行政区划相结合。农业部水资源委员会负责水资源的规划和使用。哈国在IWRM方面已经取得了重大进步，《水法》规定了以流域为单元进行水资源管理，共分为8大流域：咸海-锡尔河、巴尔喀什-阿拉湖、额尔齐斯-伊希姆河、扎伊雷克-里海、努拉-萨雷苏河、托博尔-图尔盖伊河、楚-塔拉斯河。哈国成立了流域水利管理局（Бассейновой водохозяйственный орган, БВО），在流域层面对水资源进行管理，并规划流域内的经济活动。

哈国水资源管理的经济工具有“污染者付费”和“使用者付费”，经济工具还有待进一步加强和实践，这也是IWRM的重要组成部分，由水资源管理国有企业（ГПУВР）实施和提供服务，该企业所有的水利设施都属于国有资产，受地区水资源委员会领导。水用户向ГПУВР支付供水服务的费用，国家财政为部分地区间水工程提供资助。哈国逐渐从行政管理标准向市场化模式转变，类似于欧盟国家采用的模式。

吉尔吉斯斯坦。吉国的水资源管理和规划体系跟哈国非常相似。吉国农业与加工业部在以下方面协调水改革工作：1）法律标准基础。2005年吉国颁布了新的《水法》，这是一部综合的、符合现代法律精神的法典，反映出了先进的国际实践经验，其主要原则包括：水资源一体化管理，政府成立统一的管理机构（依托国家委员会），依托国家委员会是因为该机构负责水资源政策的制定；2）通过水用户协会实施水资源管理，目前该协会的成员覆盖了吉国超过三分之二的灌溉地；3）实施市场化模式，即继续1994年就已开始的改革，提高水资源利用效率，包括将支付水费制度化；4）农业与加工业部下设水利局（ДВХ）管理灌溉和排水基础设施，规划水资源的使用。水利局下设流域和地区水资源管理部门，但是水资源管理体系还是带有行政区划色彩，所以正在向流域管理方向推进改革。约90%灌溉基础设施运行和维护的经费由国家财政拨款。

此外，吉国地下水资源的管理和利用由国家地质和矿产资源委员会负责，而在地方层面，由地方政府负责水资源分配和管理，因此，国家和地方层面（行政区域）的管辖权限划分并不十分明确。

塔吉克斯坦。塔国管理水资源的部门众多，直接受政府（总统）领导。塔国正在进行的改革是把资源管理的功能分解开。能源和水资源部负责协调水资源部门和用水大户（能源部门）的潜在利益冲突。土壤改良和灌溉局为农业提供灌溉和土壤改良服务，并负责土壤改良和灌溉基础设施的运行和维护。目前，国家水与能源委员会是制定水资源保护和有效利用政策的最高部门。地方层面，由地方政府负责水政策的执行和实施。

塔国环境保护委员会负责执行生态系统和水环境保护的措施，包括制定和执行国家生态环境领域的政策、颁发专门的用水许可证、环境保护（包括水质）管理、现有水资源质量和总量监测等。农业、供水、卫生保健、工业、渔业、休闲和航运等方面的用水由其它相应的部委和机构管理，而水利部门仍属于能源与水资源部管理。控股公司“Барки Точик”负责水电能源生产以及水库管理工作，地质主管部门负责判断、开发和监测地下水资源储量，紧急状态与民防委员会负责预测和消除水自然灾害带来负面影响。

2012年塔国《水法》修正后规定，国家水资源委员会负责制定水资源保护和有效利用的政策，该委员会的成员应当包括各部委和机构水部门的代表，例如控股公司“Барки Точик”、土壤改良与灌溉局、卫生防疫局、卫生部。此外，在流域层面，应当吸引各方力量参与流域管理，并建立河流流域委员会。

土库曼斯坦。土国水资源管理的特征是流域与行政区划原则相结合。《水法》规定内阁负责领导水资源管理，专门的水资源管理机构是农业部和环保护，它们在地方层面有自己的下属机构。土库曼斯坦国家环境保护和土地资源委员会颁发专门用水的许可证。中央政府保有各领域的水资源管理权，包括灌溉、供水和水力发电，灌溉用水是免费的。与中亚其它国家相比，土国水资源管理有自己的特点：在农业生产领域，需要通过完成国家规定的任务来换取灌溉用水的使用，例如，将某些作物的收成按照国家计划售出。

乌兹别克斯坦。乌国农业部负责水资源管理和规划，其主要职责有：1）规划。制定IWRM长期规划；分配水资源，确定灌溉、经济领域和各地区的取水限额；管理地表水资源和灌溉基础设施，包括灌渠、水库、水泵站、水利设施的运行和维护。2）监测。监测并计算水的使用量；水资料调查集；监控水浇地、灌溉和排水水质。3）管理。颁发专门用水的许可证。乌国在水部门推行市场经济原则，逐渐实现水费征收。目前国家财政承担了大部分灌溉系统运行和维护的经费，但仍然无法维持现状。

中亚各国已经认识到解决水资源和生态环境问题的重要性，开始了水资源法律体系和有关制度的改革：合并部委及其下属部门，削减工作人员；成立水用户协会；实施灌溉服务收费制度等。中亚国家水资源监测（包括收集、整理和发布信息）由政府机关、国家水文气象中心（局）承担，这些机构的隶属机关各国不尽相同，但本质上来看，都是在收集水资源和水利设施的原始数据。

中亚各国水法都体现了水资源一体化管理的基本原则，但各国在落实这一原则时往往流于形式，哈萨克斯坦是唯一一个以水文地理单元管理水资源的国家，并建立了流域委员会，吸引NGO参与水资源管理，哈国在这方面的出色表现源于以下原因：首先，该国经济水平和潜力相对较高，水资源严重不足；其次国家高层对水资源问题十分重视。

尽管中亚各国在水资源管理方面取得了一些进步，但仍然存在许多问题：1）2000年之后各国均颁布了新的《水法》，但并未具体规定如何保障新法律的落实，水资源管理还是优先满足农业部门的需求，而未考虑其他经济部门；2）制度层面，众多部门对水资源管理负责，但各部门之间的协调非常低效；3）制定、批准和实施流域计划的程序尚不明确，该计划的法律地位亦不明了；4）各国使用的苏联时期的标准和规范（过高），往往无法达标；5）原始监测数据和信息常常无法反映真实的状况，并几乎不用于规划和决策。